Este departamento es el encargado de velar por la excelencia académica. SEBIPCA  tiene presencia en todos los países Centroamericanos, ofreciendo los siguietes programas: Diplomado Superior en Estudios Bíblicos, Profesorado en Teología, Licenciatura en Ministerio Cristiano, y cuenta también con un programa residencial de licenciatura que ha provisto líderes calificados para la iglesia de la región.

El programa de licenciatura en Ministerio Cristiano, con su modalidad residencial, ha estado funcionando desde el año 2000. En 20 años el SEBIPCA ha gruaduado a 6 promociones y, la séptima recién comenzó en febrero 2020 con 42 estudiantes. En la actualidad, SEBIPCA tiene matriculados a 783 estudiantes de todos los países centroamericanos en sus diferentes programas.

De la misma manera SEBIPCA ofrece una maestría en Liderazgo y Administración de la Iglesia en asociación con la Universidad Lee de Cleveland, Tennessee. SEBIPCA también ofrece un programa de Bachillerato en Ministerio Cristiano en cooperación con el Seminario Bíblico Pentecostal (SBP) de Guatemala. La asociación con la Universidad Lee y con el SBP ha logrado alcanzar a más estudiantes dentro de Guatemala que es donde está la sede del SEBIPCA.

A través de la Alianza para la Educación de Centroamérica (ALECA), los programas educativos del istmo centroamericano se han integrado saludablemente, creando una red de cooperación que promueve el desarrollo de la educación en cada país y en toda la región, como un todo. ALECA genera una fuente de cooperación espontánea y organizada, que atiende a los estudiantes centroamericanos en sus necesidades de formación para el ministerio de manera saludable.

Además, el liderazgo de la Iglesia de Dios en Centro América ha sido decisivo en el progreso de la formación teológica de sus pastores. Esto crea un ambiente favorable para motivar a más candidatos al ministerio a matricularse en los programas que se ofrecen en toda la región. Esto útlimo genera una alta motivación entre los líderes educacionales de la región para continuar avanzando en la preparación de los pastores y líderes de la iglesia.